Le génome de l'orge sera bientôt connu

Cultivé depuis 15 000 ans, l’orge appartient à la famille des Triticeae, dont font partie le blé et le seigle. A elle seule, cette famille de céréales fournit environ 30% des calories consommées dans le monde. L’orge représente la quatrième culture céréalière la plus importante au monde en termes de surfaces de culture et de quantité de grains produits.

Le génome de l’orge est presque deux fois plus important que celui de l’homme et son séquençage a constitué un réel défi. En effet, il contient par exemple de nombreuses séquences très similaires et donc très difficiles à assembler. Grâce à des stratégies innovantes, le consortium a réussi à déterminer l’ordre de la plupart des gènes de l’orge le long de chaque chromosome. Il s’agit d’une étape importante dans l’aboutissement prochain de la séquence complète du génome de l’orge.

La publication dans Nature fournit une vision précise des régions fonctionnelles du génome de l’orge, révélant l’ordre et la structure de la plupart des 32 000 gènes qu’il contient ainsi qu’une analyse détaillée de leur processus d’activation dans les divers tissus et étapes de développement de la plante. Les scientifiques ont pu localiser les régions dynamiques du génome qui contiennent les gènes conférant la résistance aux maladies. Ceci permettra de mieux comprendre les mécanismes de résistance aux agents pathogènes de l'orge. Ce séquençage met aussi en évidence de manière très détaillée les différences entre les variétés d’orge et permettra de mieux exploiter cette diversité génétique.

L’Inra a participé au projet à travers le CNRGV de Toulouse, responsable de la préservation et du maintien des ressources génomiques végétales produites dans le cadre de projets majeurs menés par des laboratoires de renommée internationale. Le CNRGV a réuni toutes les ressources génomiques nécessaires au séquençage de l’orge. Il a également développé des outils spécifiques pour un criblage efficace des régions du génome, qui ont permis l’élaboration de la carte physique du génome de l’orge.

L’ISBC (www.barleygenome.org) a été fondé en 2006, et comprend des scientifiques provenant d’Allemagne, du Japon, de Finlande, de France, d’Australie, du Royaume-Uni, des Etats-Unis et de Chine. La séquence du génome et les ressources annexes sont en libre accès sur Internet

http://seacow.helmholtz-muenchen.de/cgi-bin/gb2/gbrowse/Barley_PhysMap

ftp://ftpmips.helmholtz-muenchen.de/plants/barley/public_data/

http://webblast.ipk-gatersleben.de/barley/

Réference

The International Barley Genome Sequencing Consortium (IBSC). A physical, genetical and functional sequence assembly of the barley genome. Nature, 17 octobre 2012 , DOI:

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